مسئله نسبت میان مرجعیت و ولایت فقیه، از موضوعاتی است که در فضای فکری و رسانه‌ای گاه با دوگانه‌سازی‌های ساده‌انگارانه یا خائنانه همراه می‌شود؛ گویی میان جایگاه علمی و دینی مرجعیت از یک سو و جایگاه رهبری سیاسی جامعه از سوی دیگر، ضرورتاً تعارضی نهادی وجود دارد. حال آنکه چنین برداشتی، هم با ساختار تاریخی حوزه‌های علمیه و هم با واقعیت پیچیده رابطه فقاهت و حکومت سازگار نیست.